Học phí năm học 2023-2024 đối với thí sinh trúng tuyển nhập học hệ đại học chính quy như sau:
- Ngành Y khoa, Dược học và Răng Hàm Mặt: 55.200.000 đ/năm.
- Các ngành cử nhân (Điều dưỡng, Dinh dưỡng, Kỹ thuật Xét nghiệm Y học, Kỹ thuật Hình ảnh Y học, Kỹ thuật phục hồi chức năng, Khúc xạ nhãn khoa, Y tế công cộng): 31.640.000 đ/năm.
Đối với sinh viên Khoa Y Việt Đức:
(Chương trình hợp tác đào tạo giữa Trường ĐHYK Phạm Ngọc Thạch và Đại học Y khoa Johannes Gutenberg, Đại học Mainz – Cộng hòa Liên bang Đức)
Học phí là 209.000.000 đ/năm.
Đối với đối tượng đào tạo theo địa chỉ:
- Y Đa khoa: 84.700.000 đ/năm.
- Khối các ngành cử nhân: 60.500.000 đ/năm.
- Hệ đại học thuộc đối tượng chuyển trường: 54.500.000 đ/năm.
- Hệ đại học cử tuyển Lào, Camphuchia: 48.400.000 đ/năm.